VCCI kiến nghị sớm tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp ngành nông nghiệp

Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho biết, sau hơn 03 tháng thực thi Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành, đơn vị này đã tiếp nhận rất nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng nông sản chủ lực về những vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh, khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của nông sản Việt Nam.

Vướng mắc lớn nhất là quy định áp thuế suất 5% đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường”. Theo phân tích của các chuyên gia, quy định này chưa phản ánh đúng bản chất của thuế giá trị gia tăng, vốn là loại thuế chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm của sản phẩm.

Mỗi năm, ngành cà phê ước tính phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng tiền thuế, còn ngành hồ tiêu phải “gánh” khoảng 2.240 tỷ đồng. Trong bối cảnh biên lợi nhuận của các ngành hàng này vốn rất mỏng, chỉ từ 1-3%, thì cơ chế “thu trước - hoàn sau” đang bào mòn sức khỏe tài chính của doanh nghiệp.

Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng nông sản Việt Nam mất đi lợi thế cạnh tranh so với các đối thủ lớn như Brazil, Indonesia, Ấn Độ - nơi các mặt hàng tương tự được hưởng thuế suất 0% hoặc không chịu thuế.

Bên cạnh đó, một điểm nghẽn khác được VCCI nêu ra là sự thiếu thống nhất trong việc áp thuế đối với nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Dù luật quy định thức ăn chăn nuôi thành phẩm là đối tượng không chịu thuế, song nhiều cơ quan thuế địa phương lại áp thuế 5% cho các nguyên liệu đầu vào như ngô, cám, bột cá ở khâu thương mại. Điều này không chỉ gây khó cho doanh nghiệp sản xuất thức ăn trong nước mà còn tạo ra sự cạnh tranh không công bằng với hàng nhập khẩu, vốn không phải chịu thuế giá trị gia tăng.

Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp cũng phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ. Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu bên bán phải "kê khai và nộp thuế" thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế. Quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua - người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Trách nhiệm xác minh, kiểm tra thuộc về cơ quan thuế, không thể bắt doanh nghiệp "ngay tình" phải gánh rủi ro về việc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên bán.

Đồng thời, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ cũng không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp, nơi doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải trong nhiều tháng. Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.

Hiện nay phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ hộ nông dân nhỏ lẻ - những người không có chức năng phát hành hóa đơn VAT. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Ngoài ra, yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi, đặc biệt trong các ngành có chuỗi cung ứng phân tán như gỗ, thủy sản, lâm sản.

Hiện các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba… gặp khó khăn trong hoàn thuế do thiếu hợp đồng và chứng từ theo mẫu truyền thống. Việc chưa cho phép sử dụng dữ liệu số, hóa đơn điện tử hoặc chứng từ thay thế khiến nhiều doanh nghiệp không thể hoàn thuế dù hàng hóa đã xuất khẩu hợp pháp.

Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu bị liên đới trách nhiệm do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa thực hiện nghĩa vụ thuế. Một số trường hợp doanh nghiệp đã thanh toán đầy đủ, có chứng từ hợp pháp nhưng vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế. Tình trạng này ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).

Đặc biệt, mức xử phạt hành chính hiện nay (từ 5 - 8 triệu đồng) áp dụng ngay cả với sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật, gây áp lực không đáng có đối với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi mô hình.

Trước những bất cập trên, VCCI đã tổng hợp và gửi đến Thủ tướng Chính phủ 6 nhóm kiến nghị cụ thể. Trọng tâm là đề xuất xem xét lại việc áp thuế 5% với hàng nông sản sơ chế, kiến nghị quay lại cơ chế “không phải kê khai, tính nộp thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như trước đây, để giải phóng dòng vốn cho doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, VCCI đề xuất Chính phủ chỉ đạo cải cách mạnh mẽ thủ tục hoàn thuế theo hướng tự động hóa, xây dựng hệ thống dữ liệu liên thông để xác minh nhanh chóng.

Đặc biệt là cần bãi bỏ quy định buộc doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm cho nghĩa vụ thuế của nhà cung cấp. VCCI cũng kiến nghị cho phép sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn và các chứng từ điện tử trong giao dịch thương mại điện tử làm căn cứ hợp lệ để khấu trừ và hoàn thuế.